基因表達(dá)數(shù)據(jù)批次效應(yīng)去除方法的研究進(jìn)展
作者：李颯; 趙毅強(qiáng) 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)生物技術(shù)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 北京100193
摘要：在組學(xué)和大數(shù)據(jù)時(shí)代,整合分析材料相同但時(shí)間、平臺(tái)、方法、技術(shù)和實(shí)驗(yàn)室等不同批次的表達(dá)數(shù)據(jù)集將成為常態(tài)。但是,不同批次數(shù)據(jù)集由于非生物因素影響會(huì)產(chǎn)生批次效應(yīng),這種批次效應(yīng)可能會(huì)對試驗(yàn)結(jié)果產(chǎn)生嚴(yán)重影響,甚至導(dǎo)致錯(cuò)誤結(jié)論。本文介紹了幾種去除基因表達(dá)數(shù)據(jù)批次效應(yīng)的方法,包括ComBat方法、替代變量分析法、距離加權(quán)判別法和基于比值的方法等。通過前人研究和實(shí)例分析表明,ComBat方法是最好的去除基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集批次效應(yīng)的方法。這些結(jié)果將為多批次表達(dá)數(shù)據(jù)集的整合分析提供參考依據(jù)。
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南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)雜志
南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)雜志， 雙月刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅(jiān)持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：動(dòng)物科學(xué)、植物科學(xué)、生物與環(huán)境、食品與工程、植物科學(xué)、綜述、生物與環(huán)境、食品與工程、綜述等。于1956年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。
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